Il Merlot è originario di Bordeaux. Fu introdotto in Agro Pontino negli anni Trenta dai coloni Veneti che bonificarono le Paludi Pontine e nel 1966 gli fu riconosciuta la Denominazione di Origine Controllata. Mai opportunamente valorizzato in passato, lo è stato, invece, successivamente, grazie al progetto di ricerca e sperimentazione Casale del Giglio, avviato nel 1985, che ha permesso di individuare, per questa varietà, la combinazione più idonea fra portainnesti, cloni e forma di allevamento, al fine di ottenere uve di alta qualità.